Farmacologia computazionale ancora sugli scudi

Un altro importante risultato per la ricerca in farmacologia computazionale “made in USI”: il Prof. Vittorio Limongelli della Facoltà di scienze biomediche e il suo dottorando Stefano Raniolo hanno messo a punto un protocollo che permette di simulare in modo accurato l’interazione tra un farmaco e il suo “bersaglio” molecolare. Il metodo è stato pubblicato su Nature Protocols: è solo la terza volta che questa rivista di alto profilo scientifico ospita sulle proprie pagine il lavoro di un gruppo di ricerca teorico nell’ambito della farmacologia computazionale.

Dopo il competitivo fondo PRACE ottenuto per un progetto di “riposizionamento” dei farmaci contro il coronavirus (leggi di più), e dopo le pubblicazioni su Nature Methods del primo archivio  liberamente accessibile di protocolli e modelli di simulazione molecolare (leggi di più) e su Nature Communications di un nuovo potente strumento computazionale per selezionare più rapidamente i composti farmacologici più promettenti (leggi di più), è arrivata una quarta soddisfazione - nel giro di pochi mesi - per la ricerca in farmacologia computazionale del gruppo del Prof. Limongelli presso l’Istituto di scienza computazionale (ICS), grazie alla pubblicazione del protocollo denominato “Funnel-Metadynamics Advanced Protocol (FMAP)”.

Il protocollo si avvale di una particolare tecnica per simulare al computer le modalità di interazione di un farmaco con il suo bersaglio. Uno dei suoi elementi salienti è il superamento della storica visione di questa interazione come quella - statica - tra una “chiave” e la sua “serratura”, in favore di una descrizione più rigorosa e comprensiva di quella che in realtà è una “danza” dinamica tra molecole.

“Il protocollo apporta un rilevante beneficio per il lavoro di progettazione dei farmaci”, indica il Prof. Limongelli. “Grazie ad esso i ricercatori potranno infatti seguire una sorta di ‘ricetta’ che li guiderà verso una più profonda comprensione della struttura e della forza - in termini di energia - del complesso formato da un farmaco e il suo bersaglio molecolare”.

Nature Protocols è una delle riviste della “famiglia” Nature, uno dei nomi più autorevoli e conosciuti nel campo delle pubblicazioni scientifiche. È dedicata a nuove tecniche e tecnologie nelle scienze biologiche, chimiche e cliniche. Lo studio di Vittorio Limongelli e Stefano Raniolo può essere reperito con il DOI 10.1038/s41596-020-0342-4.